En langage botanique, le terme « saprophyte » (du grec sapros, pourri et phyton, plante) est désormais obsolète et dépassée, bien que certains textes scientifiques mentionnent encore ce mot pour indiquer tous ces micro-organismes qui, pour vivre, ont besoin de se nourrir de matière organique en décomposition.
La plupart des lichens sont considérés comme saprophytes (organismes composés de cyanobactéries et de champignons) ; certaines bactéries et certaines formes de protozoaires sont également incluses dans la catégorie des saprophytes.
Tous les saprophytes sont des organismes hétérotrophes, donc incapables de produire leur propre nourriture à partir de matières inorganiques.
Excellents décomposeurs, certains saprophytes représentent un élément précieux des chaînes alimentaires des écosystèmes ; ces organismes hétérotrophes, simplifiant les substances organiques complexes en matières inorganiques élémentaires (ex. sels minéraux, eau, etc.) sont indiqués pour la formation d'humus, c'est-à-dire que par leur action, les saprophytes (ou saprogènes) favorisent la décomposition de substances organiques sans vie , contribuant ainsi à l'humification (ensemble de processus de démolition enzymatique au cours desquels la matière organique est soumise à un retraitement).
Les bactéries saprophytes ne doivent pas toujours être considérées comme porteuses de dommages ; pensez, par exemple, à ceux qui vivent dans symbiose avec la flore bactérienne intestinale de l'homme : grâce à leur présence, l'intégrité de l'intestin et la défense contre les maladies sont garanties, grâce à la synthèse de vitamines et oligo-éléments très importants pour le bien-être de l'intestin. De plus, la présence de ces saprophytes dans le tractus intestinal (dans une certaine plage) empêche les bactéries, virus et champignons pathogènes de causer des dommages.
Attention : une concentration excessive de saprophytes dans l'intestin peut déclencher l'effet inverse et créer des dommages comme les agents pathogènes normaux. Par exemple, le Candida albicans c'est un saprophyte du tube digestif et de la cavité buccale, donc dans des conditions physiologiques le champignon vit normalement dans ces sites, sans causer de dommages. En plus du système digestif et de la cavité buccale, le Candidose albicans il fait partie de la flore bactérienne vaginale chez 10 à 20 % des femmes (forme asymptomatique). Cependant, lorsqu'il y a une « altération de l'équilibre bactérien local », donc dans des conditions favorables aux champignons, le saprophyte prolifère de manière exagérée, créant l'infection commune qui porte le même nom (candidose buccale et vaginale).
Avec certaines bactéries, les champignons sont des recycleurs très importants de carbone, d'azote et d'oligo-éléments essentiels : ce processus de recyclage est très utile, car il favorise la simplification de matériaux complexes - tels que la cellulose et la lignine - en molécules simples, qui peuvent également être utilisées par des champignons et autres micro-organismes.
Dans le passé, les champignons et les bactéries étaient également inclus dans le groupe des saprophytes ; actuellement, cependant, ces deux catégories ont été exclues du règne végétal, donc ni les champignons ni les bactéries ne peuvent être définis correctement saprophytes.
